Το πρόγραμμα Ναυτικής Επιστήμης στην ΝΑΚ στοχεύει στην εκπαίδευση Αξιωματικών Καταστρώματος σε εμπορικά πλοία, βάσει των προτύπων της Διεθνούς Σύμβασης STCW (κώδικας Εκπαίδευσης, Έκδοσης Πιστοποιητικών και τήρησης Προστασίας Ναυτικών).
Με την ολοκλήρωση των 4-ετών σπουδών, οι οποίες περιλαμβάνουν και ένα χρόνο εκπαίδευσης εν πλω, οι απόφοιτοι αποκτούν το πιστοποιητικό Ναυτικής Ικανότητας Αξιωματικού Γέφυρας σε λειτουργικό επίπεδο (Deck officer) από το Πανεπιστήμιο Λευκωσίας, καθώς και Πτυχίο στην Ναυτική Επιστήμη από το Intercollege Λάρνακας.
Το Πιστοποιητικό Ικανότητας δίνει στους δόκιμους τη δυνατότητα ανέλιξης σε Αξιωματικό Διοικητικού επιπέδου (Υποπλοίαρχος, Chief mate) και Πλοίαρχο (Master). Επίσης, οι απόφοιτοι θα μπορούν να εργαστούν στη ξηρά ως στελέχη Ναυτιλιακών εταιρειών.
Οι Αξιωματικοί Καταστρώματος είναι υπεύθυνοι για την πλοήγηση, τους ελιγμούς και τον ασφαλή χειρισμό του πλοίου, τις επικοινωνίες μεταξύ του πλοίου και της ακτής, το χειρισμό και την παράδοση φορτίου και τη λειτουργία των σωστικών μέσων.
Ο Πλοίαρχος είναι ο υπέρτατος διοικητής του σκάφους, και ενεργεί εξ ονόματος του πλοιοκτήτη.